Ngôi chùa vốn là điện thờ Ngọc Hoàng Thượng đế do một người tên Lưu Minh (pháp danh là Lưu Đạo Nguyên, người Quảng Đông, Trung Quốc) xây dựng vào khoảng đầu thế kỷ 20 [1]. Theo học giả Vương Hồng Sển, thì Lưu Minh là người "ăn chay ròng, giữ đạo Minh Sư, lập chí quyết lật đổ nhà Mãn Thanh, xuất tiền tạo lập chùa vừa để thờ phượng vừa để làm nơi hội kín"... [2]

Năm 1982, Hòa thượng Thích Vĩnh Khương đến tiếp quản điện thờ. Kể từ đó điện thờ này thuộc về Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Đến năm 1984, thì điện Ngọc Hoàng được đổi tên là "Phước Hải Tự".